虫歯菌の多さには個人差があります。歯みがきをしなくてもむし歯になりにくい人の中には、むし歯菌がほとんどいないという人がいます。むし歯菌は保護者、主に母親から移ることがほとんどです。
予防の一番の方法は歯みがきということになります。歯と歯の間をフロスなどで清掃することも大事です。これらをプラークコントロールといいます。
むし歯菌がすごく多くてリスクの高い人の場合は、3DS 治療（リンクが必要）などでむし歯菌を減らすことが有効な場合もあります。

むし歯はむし歯菌が糖分を取り込んで酸を出すことから始まります。糖分の摂り方が問題となります。でも糖分を全く摂らないことはできません。おやつや糖分の入った飲み物の頻度や量を意識することが大切です。このことをシュガーコントロールといいます。
またキシリトール、ステビアなどのむし歯にならない糖分を用いたむし歯になりにくいものを使った食品や飲み物もむし歯予防に有効です。

むし歯は脱灰の時間が再石灰化の時間を上回らないとできません。生活習慣が大切なのです。糖分の入ったものをダラダラ口に入れることと、寝る前に糖分を摂るのが最もいけません。寝ている間は唾液で歯が洗い流されませんので、再石灰化が起きにくいからです。

歯が弱いから、むし歯になりやすいといわれる方が良くおられます。でも歯の一種の奇形であるエナメル質形成不全とかがない限り、私はむし歯になりやすい歯というのは無いように思っています。むし歯になりやすいのは（１）～（３）の問題であるのがほとんどだと思っています。
ただ虫歯になり食い歯の質にすることは可能です。それがフッ化物です。
フッ化物は脱灰したカルシウムの部分に入り込み脱灰しにくい歯になります。これはＷＨＯも認めたむし歯予防の優れた方法です。

フッ化物の応用にはいくつか方法があります。

集団検診や、歯科医院などで良くやっている方法です。高濃度のフッ化物を専門家が直接歯に塗布します。半年ごとのフッ化物塗布はとても有効です。

至適濃度のフッ化物が入った水で３０秒間から１分間お口をすすぐ方法です。毎日やる方法と週一回やる方法があり、どちらも同等に効果があります。学校など集団でやる場合は週一回法が一般的です。家庭でやる場合は習慣づけのため毎日方が良いと思います。永久歯が出始めから中学校卒業するまでフッ化物洗口をすると、むし歯は半分ぐらい減らせると思います

諸外国では当たり前のことなのですが、日本ではあまり意識されていません。フッ化物が入った歯磨剤で１日２回は磨きをするだけでも、むし歯予防に効果があるのですよ。

水道水のフッ化物の濃度を 1ppm 位にすることはむし歯予防にすごく効果があります。濃度が高すぎても歯や骨が硬くなり過ぎたり、問題が出たりするので、濃度のコントロールが大切ですが、技術的には難しいことではありません。
日本ではこのことに敏感に反応し反対する人がおられるために、なかなか実現しません。フッ化物応用の中でも最も良い方法なのですが、日本では難しいかも知れません。

フッ化物を重要視する国では、歯科医が処方してフッ化物のタブレットを服用する国もありますし、誰もが口にする食塩の中にフッ化物を混ぜる方法をとっている所もあります。